2014年中国科研产出最多的十大城市为北京、上海、南京、武汉、合肥、长春、香港、杭州、广州和天津。这十个城市加起来占中国WFC分值的70.4%。北京、上海和南京依然是中国的三大科研中心。北京纳入自然指数的研究机构数量在中国最多，科研实力尤其体现在化学和物理学上。上海纳入自然指数的研究机构数量不足北京的二分之一，但其前十大研究机构的贡献与北京前十大研究机构的贡献不分伯仲。与上海一样，南京在自然指数上的科研成果也几乎有60%是来自化学。2014年，南京大学在自然指数上的科研成果占整个城市的二分之一以上。
据悉，2012年到2014年期间，西安、成都和杭州是WFC分值增幅最快的城市之一，这主要受到化学方面科研成果的推动。其中，西安的WFC分值增幅尤为突出，达到了142%；成都和杭州分别为78%和55%。
自然指数还显示，深圳、北京和武汉是中国三大科研成果产业化基地，因为这些城市有许多具有重要科研贡献的公司，尤其是在高端生命科学领域。其中，深圳尤其经历了精彩的转型，现已发展成为一个基于科研的产业中心，位于深圳的公司所拥有的国际专利数量几乎占全国的二分之一。
另外，中国还有三个城市在科研合作上表现突出：香港和合肥主要与各自的国际同行建立了大量的合作；天津则突出表现在当地研究机构之间的合作，主要是天津大学和南开大学的合作。
