哈哈，这个问题有意思了，宇智波灭门事件中谁才是最大的受益者？个人认为辉夜的意识黑绝才是最大的受益者，木叶村，团藏和晓组织都是黑绝复活辉夜过程中利用的对象而已，下面具体说明一下。
对于木叶村来说虽然表面上避免了宇智波一族叛变的行动维持了原有的统治体系，但是实际上让木叶村的整体战斗力下滑严重。
木叶村和宇智波一族的矛盾根源可以追溯到因陀罗和阿修罗的矛盾，因此从剧情角度来看二者之间的矛盾是不可能完全调和的，但是随着时间推移，为了维持忍者村内部和谐得到各大国更多的资源分配实际上后续剧情中木叶村和宇智波一族的矛盾并没有那么深，之所以后面非要弄到鱼死网破就和团藏为了谋取个人利益的所作所为有关系了。
因此个人认为表面上来说鼬执行完灭族行动以后让木叶村和宇智波一族的矛盾消失，但是实际上从宏观层面考虑还是让木叶村的整体战斗能力下滑。千手扉间之所以让宇智波一族承担木叶村警戒部队的任务，一方面是为了监视和控制宇智波一族的发展，另一方面就是看中写轮眼在战斗能力方面的加持。
因此即使在灭族行动过后木叶村收集了足够多的写轮眼，没有搭配其使用的宇智波一族族人特殊体质，木叶村并没有完全发挥写轮眼的作用。而在宇智波一族灭亡以后日向一族成为木叶村整体实力最强的宗族，但是实际上白眼的能力特点是擅长侦查，真正能够在战斗中压制对手还是写轮眼的优势更加明显。
而如果没有团藏要求鼬进行灭族行动的话，以宇智波一族的底蕴应该能够持续诞生具有不错忍者天赋的角色，这样一来即使木叶村由于九尾袭击事件造成大量人才损失，后辈力量依旧储备充足，甚至如果三代火影更加果断一些的话即使后面有大蛇丸袭击木叶村和佩恩入侵的事件，宇智波富岳，宇智波鼬和止水都能够有效分担三代火影的负担，甚至三代火影都有可能不需要牺牲。毕竟大蛇丸是比较受写轮眼幻术能力的克制的。
结果按照剧情发展宇智波一族灭族之后木叶村的中高层战斗力下滑幅度就越来越快了，新的木叶十二小强还没有成长起来，木叶村只能依靠三代火影和传说中的三忍撑老底。即使在后续剧情中木叶村能够起到决定战斗胜利的关键角色并不是木叶村中的大家族，而是漩涡鸣人，宇智波佐助以及几个为数不多的精英上忍。所以铲除宇智波一族的行动对于本来经历九尾袭击事件后实力受损的木叶村是进一步的打击，没有主角光环的话早就被其他忍者村解决掉了。
因为团藏心里没底，即使移植了写轮眼在个体战斗力方面还是做不到压制自己的老对手猿飞日斩。再加上得不到其他木叶村高层和其他家族的支持团藏想要当火影的诉求只能藏着掖着，一直等到三代火影死后，五代火影纲手暂时失去工作能力团藏才勉强过了几天当火影的滋味。这个结果表面上看似是团藏利用鼬屠灭宇智波一族之后得到的收益，实际上把团藏的个人野心和目的完全暴露在木叶村各个阶层的人员面前。
团藏如果不掺和宇智波一族和木叶村之间的利益纠纷问题，后续因为剧情发展需要宇智波一族依旧有可能被猿飞日斩下令消灭。这样一来后续宇智波佐助复仇的对象就直接是猿飞日斩和其它木叶村高层，结果团藏一通操作可以说是为猿飞日斩和其它木叶村高层背锅了（团藏自己的问题加上当时是其要求宇智波鼬进行灭族行动的）。这样一来团藏在等到猿飞日斩死亡，纲手受伤以后也可以凭借在木叶村积累的资历上位，甚至可以在鸣人成长起来之前掌控木叶村一段时间。但是由于剧情中团藏过于激进的行为导致宇智波一族行动并没有从根本上让团藏得到机会控制木叶村各方面的力量。
团藏虽然收获了大量的写轮眼但是由于没有宇智波一族族人的特殊体质，并不能完全发挥写轮眼的特殊能力，实力提升层次有限。结果最后团藏成为了推进剧情发展和化解佐助心结的磨刀石。
宇智波灭族行动客观上加速了鼬进入晓组织的过程，也为黑绝最后能成功够复活辉夜提供逻辑支持。
火影中反派角色的行动路线归根到底就是复活辉夜的过程，无论是宇智波斑（因陀罗转世），晓组织，带土都是黑绝复活辉夜的工具而已。火影中黑绝的故事线是这样的：
大筒木辉夜的儿子为了拯救火影忍者主世界决定封印辉夜→黑绝作为辉夜的意识提在封印完成前逃离→黑绝开始准备复活辉夜的计划也就是收集被六道仙人分离的十尾让九大尾兽合为一体→黑绝开始忽悠因陀罗和斑→斑误以为黑绝是自己意识的载体开始利用带土和佩恩成立晓组织→晓组织收集尾兽准备完成无限月读。
因此个人认为宇智波一族灭族从某方面来说加速了晓组织收集尾兽的过程，大家都知道写轮眼的幻术能力对于控制尾兽是非常有效果的。因此如果没有宇智波一族灭族行动鼬也不会成为三代火影安排在晓组织中的间谍，为了掩饰自己的真实身份鼬也不得不执行收集尾兽的任务。
而如果晓组织没有宇智波鼬加入的话收集尾兽的速度不会有剧情中那么快，虽然晓组织成员都有特殊能力但是并不是都适合抓尾兽和搜寻人柱力。黑绝一直都是在暗中影响和观察晓组织的行动，利用宇智波一族和千手一族的矛盾，利用人与人之间的不信任和猜疑花费很小的代价就达成了自己的目标。
黑绝想要复活辉夜必须要收集尾兽并且找到十尾人柱力和足够的查克拉，这几个准备工作都被斑和晓组织成员完成了。收集尾兽借助了晓组织成员的能力（如果没有灭族行动鼬不可能加入晓组织），大蛇丸和团藏勾结研究忍术的过程让宇智波斑能够以秽土转生的方式出现并得以复活，宇智波斑成为十尾人柱力以后黑绝利用斑的身体把辉夜复活。因此客观来说宇智波一族灭族行动最大的受益者既不是木叶村也不是团藏而是黑绝。
宇智波一族灭族造成木叶村整体战斗力滑坡让外部势力能够趁虚而入，让忍者世界的稳定局面受到挑战，随着宇智波鼬加入晓组织和佐助的复仇计划让火影的主线剧情更加明朗和有连续性。最后得利的就是黑绝了，可以说宇智波斑之所以会误入歧途过于追求力量就是黑绝造成的，也为宇智波一族和木叶村之间产生矛盾提供了导火索。
